Systém je v zásade bezúdržbový. Povrch snímača skenera prsta je vďaka opakovanému použitiu (prejdením prstom) prakticky samočistiaci. Ak je skener prstov stále znečistený, očistite ho vlhkou (nie mokrou) handričkou, ktorá sa nepoškriabe. Vhodné sú bavlnené tampóny, mikrovlákno a utierky na okuliare. Nie sú vhodné všetky látky obsahujúce bavlnu, papierové utierky a papierové vreckovky, kuchynské špongie, navlhčené utierky a kuchynské rolky. Používajte čistú vodu bez prísad čistiacich prostriedkov. Postupujte opatrne v oblasti snímača.

Ak je potrebné dezinfikovať celý skener prstov vrátane snímača, môžete použiť vodné a alkoholové prostriedky. Tieto by však mali byť schopné rýchlo zaschnúť v oblasti snímača. Farba na skeneri prstov je veľmi odolná voči všetkým bežným čistiacim a dezinfekčným prostriedkom s dobou pôsobenia kratšou ako 10 minút.